丘濬重视法律的作用，维护法律尊严的思想在司法问题上的反映就是慎刑恤狱，不枉不滥，刑罚适中。这主要有以下几点：
（1）“原情定罪”。他认为，审理案件单靠有限的法律条文是不够的，还应注意以往的判例，衡量犯罪的情节和行为人的动机、目的。
（2）注重证据。他认为审理案件“必备两造之辞，必合众人之听，必核其实，必审其疑。”要注意收集证据，并对刑讯制度持否定态度。
（3）限制赎刑。他主张对赎刑严加限制。只可适用于轻罪，而决不可适用于死刑。
（4）控制复仇。他首先肯定复仇，但是如果国家法律对复仇行为不加控制，“苟杀者转相报复，焉用国法为哉！”因此，他主张实行有限制的复仇，即父母兄弟被他人所杀，欲报仇者要当告官，不应擅杀仇人，且误杀、戏杀、过失杀人不准复仇。
（5）慎用赦宥。他认为，古代的赦宥是针对因过失和意外事件而触犯刑律的轻罪，后世曲解其旨，经常滥赦，且定为常制。因此主张赦宥只应施行于社会动乱之时和案情可疑之际。