1.招标人的理解不正确，具体原因如下:
（1）招标代理机构编制工程量清单以图纸为依据，招标人有责任提供详细正确的图纸。此工程出现预算偏差是因为招标人没有提供给招标代理机构详细的设计图纸，而让招标代理机构凭经验进行估算，工程客观上就存在估算偏差的风险，因此招标人也应承担相应的责任。
（2）施工图纸的错误会给未来合同实施和投资控制带来潜在风险，招标人应在投标人指出图纸中错误提出疑问时就及时进行澄清、修改，解决存在的问题，而不是放任不管。因此，招标机构按原图估算出现的问题，招标人负有相应的责任。施工图纸的错误，在招标阶段就应慎重对待。
（3）由于招标人的原因（领导出差、推迟定标）导致招标进度滞后，属招标人责任，招标代理机构不应承担责任。
（4）后续合同谈判及合同实施过程中出现的问题，是由于以上招标过程中举措不当而埋下的隐患，招标人和招标代理机构同样负有责任。
2.招标代理机构可以采取以下措施，尽量避免上述情况的发生:
（1）招标代理机构在二层机房施工没有详细设计图纸的情况之下，不应盲目地按照招标人要求估算工程量，而应根据自身经验，建议招标人以暂估价项目形式处理，以规避双方风险。
（2）施工图中存在错误可能导致工程量发生较大量差变化时，招标代理机构有义务提醒招标人利用澄清机会进行更正，并提示可能发生的风险。
（3）开标延期和定标推迟是招标人的责任，招标代理机构在签订委托协议时应将服务期限考虑得灵活一点，进度延误发生的原因与责任应明确定义。
3.招标代理机构在签订和执行招标代理合同时，需要注意以下事项:
（1）明确招标代理委托范围，同时注意委托范围之内的各项工作所需的前提条件和由此导致的责任归属。如:工程量清单编制是以图纸为依据，图纸提供的时间和质量问题导致清单编制时间和误差为招标人责任等。
（2）协议中的有关要求应结合实际灵活制定，以避免合同风险。如:对招标工作进度的要求，招标工作中可能影响招标进度的因素很多，可以关键里程碑式的相对时间来约定。
（3）执行委托协议时，招标代理机构应结合自身经验，及时向招标人提出合理化建议，以规避将来可能发生的各类风险。