两者的区别在于：
⑴二者的分析角度不同。项目财务效益分析是从项目财务角度对项目进行分析，考察项目在财务上的可行性；而项目国民经济效益分析是从国民经济角度对项目进行分析，考察项目在经济上的合理性。
⑵二者关于费用和效益的含义不同。项目财务效益分析是根据项目直接发生的财务收支确定项目的费用和效益；而项目国民经济效益分析是根据项目所消耗的有用资源和对社会提供的有用产品考察项目的费用和效益。正因为这一原因，在项目财务效益分析中，补贴要计为项目的效益，税金和利息也要计入项目的费用；但在项目国民经济效益分析中，补贴不应计入项目的效益，税金和国内借款利息也不应计入项目的费用。
⑶二者关于费用和效益的范围不同。项目财务效益分析只考察项目的直接费用和直接效益；而项目国民经济效益分析除考察项目的直接费用和直接效益之外，还要考察项目所引起的间接费用和间接效益。
⑷二者计算费用和效益的价格基础不同。项目财务效益分析采用现行市场价格计量费用和效益；而项目国民经济效益分析则采用能够反映资源真实价值的影子价格计量费用和效益。
⑸二者评判投资项目可行与否的标准（或参数）不同。项目财务效益分析采用行业基准收益率和官方汇率；而项目国民经济效益分析则采用社会折现率和影子汇率。