合作医疗制度在中国为广大农民的健康保障，发挥了积极作用。但是从实行家庭联产承包责任制以后，合作医疗的参与率大幅度下降。与之相应，农民的医疗负担大大加重。1991年到2001年，农村卫生费用平均增长12.8%，而农民的收入增长率为7.7%。农民（尤其是贫困农民）的医疗负担相当重。1990年到1999年，农民每人次平均门诊费用和住院费用，分别由10.9元和473.3元增加到79元和2891元，增长了6.2倍和5.1倍。目前，农民看不起病、因病致残、因病返贫的问题在贫困地区十分突出。
还有农民的医疗保障水平也受到较大影响。自1990起在部分贫困地区婴儿死亡率开始上升。全国的各项主要健康指标的改善速度也远低于20世纪80年代。农村中某些已经得到控制的地方病、传染病的发病率出现了反弹甚至死灰复燃。一些农村地区职业病和环境污染所致疾病明显上升，对农民健康造成新的威胁。
另外，预防、健康教育等服务几乎停顿。由于政府对预防保健的投入大幅度削减，预防保健成为商业化服务，小儿麻痹症、流脑、甲肝、流感、狂犬病等的预防服务接受者人数受到限制。在全国仍有近千万患者，1/3以上在西部，而且大多是重症病人。