施工方法对结构型式的确定和土建工程造价有决定性影响。施工方法的选定，一方面受沿线工程地质和水文地质条件、环境条件（地面建筑物和地下构筑物的现状、道路宽度、交通状况等）、线路平面位置、隧道埋置深度及开挖宽度等多种因素的制约，同时也会对施工期间的地面交通和城市居民的正常生活、工期、工程的难易程度、城市规划的实施、地下空间的开发利用和运营效果等产生直接影响。因此，施工方法的确定，必须因地制宜、统筹兼顾，选择的工法应技术可靠、水平先进、经济合理。根据国内外修建地铁的经验，区间隧道的施工方法可基本分为明挖法、矿山法、盾构法、沉管法。
1.明挖法地铁区间隧道明挖法一般用于场地较开阔的地段，要求该地段地面建筑和地下管线少，对道路交通影响小，或道路交通量小，或有条件进行交通疏解，或结合市政工程的建设进行明挖施工。明挖法施工作业相对简单，施工工期短，造价相对较低。但施工对周边环境、地下管线和交通的影响较大。在地质条件较差、隧道埋深较深的情况下，明挖施工时，基坑围护的工程量大，此时明挖施工的综合造价较高。
2.矿山法矿山法适用于隧道埋深较深，地质情况较好，地下水含量小或地下水位较低，无明挖施工条件的地段。矿山法施工对地层变化的适应性强，技术成熟，工法简单，施工对周边环境、地下管线和交通的影响较小。当隧道围岩松散、地下水含量大或地下水位较高时，须采取降水、注浆加固等辅助施工措施。施工所产生的地表沉降量也较大，工期较长，施工的安全性较差，投资的可控性差。
3.盾构法
盾构法适用于结构断面单一的圆形隧道的施工。但在盾构机选型时，须特别注意以下地层：灵敏度高的软弱土质、透水性强的松散土质、高塑性土层、含有承压水的砂土层、含有大粒径卵砾石或孤石的地层、预计有朽木和其他夹杂物的地层、含有软硬两种土质的地层等。盾构法施工进度快，作业安全，地表沉降小，占地少，对地面环境影响小，但盾构机设备复杂、价格昂贵，在不利的地层条件下，盾构机选型须慎重。另外盾构法不适用于结构尺寸复杂多变的隧道施工，如渡线段、存车线地段等。
4、沉管法沉管法是修筑水底隧道的主要方法之一。沉埋法隧道施工时，先在隧址附近修建的临时干坞内（或利用船厂的船台）预制管段，预制的管段用临时隔墙封闭起来，然后将此管段浮运到隧址的规定位置，此时已于隧址处预先挖好的一个水底基槽。待管段定位后，向管段内灌水压载，时期下沉到设计位置，将此管段与相邻管段在水下连接起来，并经基础处理，最后回填覆土成为水底隧道。
三种地下区间施工方法各有自己的适用范围和优缺点，三者之间的分析比较详见下表。