非淋球菌性尿道炎的潜伏期为10～20天。
非淋球菌性尿道炎发病不如淋病急，症状拖延，时轻时重，但比淋病轻。约50％的病人有尿痛、尿道痒等症状。初诊时很易被漏诊。男性非淋球菌性尿道炎表现为尿道不适、发痒、烧灼感或刺疼，尿道红肿，尿道分泌物多为浆液状、稀薄、晨起有“糊口”现象。女性非淋球菌性尿道炎表现为宫颈的炎症和糜烂、分泌物增多，宫颈分泌物中有多数分叶型白细胞（高倍镜下每视野超过10个），阴道及外阴瘙痒，下腹不适感。
非淋球菌性尿道炎常与淋病同时感染。前者先出现淋病症状，经抗淋病治疗后，淋球菌被青霉素杀死，而衣原体、支原体依然存在。在感染l～3周后发病。临床上很易被误认为淋病未治愈或复发。
非淋球菌性尿道炎处理不当或治疗不及时可引起并发症（1％），如急件附睾炎、前列腺炎、结肠炎、咽炎，女性宫颈炎、宫颈糜烂、前庭大腺炎、阴道炎、输卵管炎、盆腔炎、异位妊娠、不育等。新生儿通过感染的产道，出生后3～13天可发生眼结膜炎，眼部有黏液脓性分泌物，也可无分泌物，但多不侵犯角膜。出生后2～3周可发生肺炎，症状不断加重，呼吸急促为其特点，但不发热。其中半数患儿有眼结膜炎。
因为非淋球菌性尿道炎的发病缓慢，症状轻，不容易受到重视。引起非淋球菌性尿道炎的病原体可持续存在数月之久，且治疗需要较长时间。未正规用药后有并发症者，可长期带菌。性交时不用安全套，也造成了非淋球菌尿道炎的不断扩大流行。