本题涉及专利申请权转让合同的解除问题。本题中，甲公司与乙公司之间存在专利申请权转让合同，但该合同并未依据《专利法》第10条第3款的规定办理登记，即在登记之前就发生专利申请被视为撤回的事实，根据《技术合同解释》第23条的规定，乙公司有权主张解除合同，故A选项正确。由于本题中甲公司的专利申请仅被视为撤回，尚未被驳回，故乙公司不能请求变更或者撤销合同，B、C选项错误。存在上述情况，D选项错误无疑。因此，本题正确选项为A。