1.业主对招标代理公司提出的要求的不妥之处如下： 
(1)“业主提出招标公告只在本市日报上发布”不正确。 
理由：公开招标项目的招标公告，必须在指定媒介发布，任何单位和个人不得非法限制招标公告的发布地点和发布范围。 
(2)“业主要求采用邀请招标”不正确。 
理由：因该工程项目由政府投资建设，相关法规规定：“全部使用国有资金投资或者国有资金投资占控股或者主导地位的项目”，应当采用公开招标方式招标。如果采用邀请招标方式招标，应由有关部门批准。 
(3)“业主提出的仅对潜在投标人的资质条件、业绩进行资格审查”不正确。 
理由：资质审查的内容还应包括：1)信誉;2)技术;3)拟投入人员;4)拟投入机械;5)财务状况等。 
2.背景材料中A、B、C、D、E投标人的投标文件分析如下： 
(1)A投标人的投标文件有效。 
(2)B投标人的投标文件(或原投标文件)有效。但补充说明无效，因开标后投标人不能变更(或更改)投标文件的实质性内容。 
(3)C投标人的投标文件无效。因投标保函的有效期应超过投标有效期30d(或28d)(或在投标有效期满后的30d(或28d)内继续有效)。 
(4)D投标人投标文件有效。 
(5)E投标人的投标文件无效。因为组成联合体投标的、投标文件应附联合体各方共同投标协议。 
3.F投标人的投标文件有效。 
招标人可以没收其投标保证金。给招标人造成损失超过投标保证金的，招标人可以要求其赔偿。 
4.(1)该项目应自中标通知书发出后30日内按招标文件和A投标人的投标文件签订书面合同，双方不得再签订背离合同实质性内容的其他协议。 
(2)合同价格应为8000万元。