明初在意识形态中，程朱理学仍占主导地位。到明代中叶，随着社会矛盾的发展，出现了王守仁的“心学”。王守仁即王阳明，官至南京兵部尚书，曾带兵镇压过农民起义，并提出了“破山中贼易，破心中贼难”的著名论断。在哲学方面，他继承并发展了南宋陆九渊“心即理”的学说，认为理存在于每个人的心中，站在主观唯心主义的立场上，反对程朱理学理在心外的命题。此外，他还在认识论上提出了“致良知”的主张。在王守仁之后，各地王门学者一时俱起，其中以王艮及泰州学派最为著名。王氏长期在小生产者中讲学，宣传王阳明的学说，并提出了“明哲保身论”。另一位著名的王门学者是李贽。李贽号卓吾，著有《焚书》、《藏书》等，在哲学上基本上与王阳明保持一致，但他反对封建正统思想，反对将“天理”与“人欲”对立起来。王学在明代盛极一时，但由于“王学异端”的出现，使它失去了统治者的宠爱，到了清代，程朱理学重新抬头，形成所谓“宋学”。虽然当时也出现了一些“理学名臣”，并重刊了《性理大全》，但理学已经成为强弩之末，反理学的思想相当活跃。