1、城市整体环境的恶化与城市紧密相连的灰色区有着与城市相异的管理体制和生活模式，在与城市进行物资、文化交流的同时也在破坏城市的整体环境。它们在形方面与城市密不可分，在质方面却与城市脱节，环境卫生的脏、生活秩序的乱、建筑风格的差与城市地区形成鲜明对比，在一定程度上影响了城市的正常肌理，恶化了城市环境。
2、土地资源的浪费和远期更新成本的增大城市灰色区的特殊性和改造对策的缺乏，使城市规划部门往往对其采取妥协的态度，管理被动。而农民的“建房占地，独门小院”的思想造成土地的占用率高、利用率低，更不能通过规划进行功能组合，发挥土地的级差地租效益，同时，农民的高密度、超容量建设也给远期的更新增加了成本。
3、社会问题的滋生行政权力的交错和衰减及人口构成的复杂，使灰色区成为社会问题滋生的场所，抢劫盗窃、吸毒、赌博现象的发生率高于普通城区。