MRI在中枢神经系统颅脑、脊髓的应用最具优势。对于肿瘤、感染、血管病变、白质病变、发育畸形、退行性病变、脑室系统及蛛网膜下腔病变、出血性病变的检查均优于CT。对颅后凹及颅颈交界区病变的诊断具有独特的优势。

CT最早用于颅脑检查，对颅脑疾病具有很高诊断价值。适用于颅脑外伤、脑血管意外、脑肿瘤、新生儿缺氧缺血性脑病、颅内炎症、脑实质变性、脑萎缩、术后和放疗后复查以及先天性颅脑畸形等。扫描基线有听眦线、听眉线和听眶线。颅脑增强扫描分为平扫后增强扫描和直接增强扫描两种方法。平扫后增强扫描是在乎扫基础上加做的增强扫描。直接增强扫描是注入对比剂后的逐层连续扫描。