农村信用社内部控制体系应包括三个相对独立的层次：
第一个层次：
在农村信用社一线业务员工中融入相互牵制、相互制约的制度，严格遵循“四双”原则，建立以“防”为主的内部监控防线。
第二个层次：
在会计部门常规性的账务核算的基础上，对其各个岗位、各项业务进行日常性的周期性的核查，建立以“堵”为主的监控防线。
第三个层次：
以联社现有的稽查、审计、人事、纪律检查部门为基础，成立一个联社的独立审计小组，审计小组通过内部常规稽查、离任审核、落实举报、监督审查农村信用社的业务操作过程和财务报表等手段对农村信用社实施内部控制，建立切实有效的以“查”为主的监督管理防线。