（1）认识生理：“清阳出上窍，浊阴出下窍；清阳发腠理，浊阴走五脏；清阳实四肢，浊阴归六腑”。三对“清阳”、“浊阴”含义各异，但均指生理活动。
（2）解释精气的生化过程：药食气味分阴阳，滋养形体，充实精气，而气化作用又促使药食转化为精气。如饮食不节气味太过，也可损伤阴精阳气。
（3）说明病因致病特点和规律：六气致病特点：“风胜则动，热胜则肿，燥胜则干，寒胜则浮，湿胜则濡泄”。不同病邪所伤不同：“喜怒伤气，寒暑伤形”，“暴怒伤阴，暴喜伤阳”。
（4）分析病机：阴阳升降失常：“清气在下，则生飧泄，浊气在上，则生？胀”。阴阳偏胜“阴胜则阳病，阳胜则阴病，阳胜则热，阴胜则寒”。阴阳转化：“重阳必阴，重阴必阳”。
（5）指导辨证：阳证：“阳胜则身热，腠理闭，喘粗为之俯仰，汗不出而热，齿干以烦冤”。阴证：“阴盛则寒，汗出，身常清”等。阴证、阳证是病机的反映，同一症状，可见于不同病机，如“腹满”，既可由阳盛伤阴，邪实中焦所致，也可由阴盛阳衰，中焦不运所引起。
（6）归纳药性功用：气味分阴阳：“阳为气，阴为味”。“气味辛甘发散为阳，酸苦涌泄为阴”。少火、壮火：药食气味纯阳者为壮火，温和者为少火。后世将少火引申为人体的正常阳气，生理之火；壮火引申为过亢的阳气，病理之火。
（7）指导诊法：以阴阳为辨证总纲，如“善诊者，察色按脉，先别阴阳”。
（8）指导针刺治疗：如“善针者，从阴引阳，从阳引阴”等。
（9）指导养生：“能知七损八益，则二者可调，不知用此，则早衰之节也”。
（10）以五行沟通天人关系：人体脏腑与自然界的五方、五时、五气、五体、五志、五色、五音、五声、五味的关系，通过五行归类和生克制化，建立了以五脏为主体、外应五时五气的五个功能活动系统，大体勾画出《内经》理论体系中“四时五藏阴阳”的系统结构，反映了中医理论体系的整体观念。