分子标记广泛应用于果树育种研究。在评价种质资源挖掘基因资源以及育种亲本选择和后代筛选中有着明显的优势，成为传统育种必不可缺少的辅助手段。分子标记辅助育种比传统的表型选择方法更为精确，应用分子标记可通过与目的基因相连锁的标记物的间接选择来选择所期望的基因型。这种间接选择的优点在于：通过分子标记可以进行早期选择，把不具备所期望性状基因的个体淘汰，加快育种进程；可区别较细微的差别，有些多位点控制的数量性状，个体差异不明显，造成选择的困难；可同时对几个性状进行选择。