原发性肝癌须与下列疾病相鉴别：
(1)肝硬化、肝炎：可有AFP升高，但与转氨酶升高同步，而肝癌AFP持续上升与转氨酶下降呈二曲线分离现象。肝硬化病情进展缓慢，无进行性肝肿大，AFP升高常为一过性。
(2)继发性肝癌：继发性肝癌大多为多发性结节，发展缓慢，症状轻，AFP多呈阴性，有原发癌可查，确诊可用病理检查。
(3)肝脓肿：一般肝脓肿表面平滑，无结节，触痛明显，胸腹壁常有水肿，右上腹肌紧张，白细胞数上升。鉴别困难者可做诊断性穿刺。
(4)其他少见肝良性肿瘤：如血管瘤和多囊肝等可借助B超、核素血池扫描助诊。
(5)邻近肝区的肝外肿瘤，如肾、胃、胰等处的肿瘤。超声检查有助鉴别，必要时可行剖腹探查。