（1）只含部分病毒基因组序列，不含有活疫苗含有的培养基、血清等外源成分的污染；
（2）抗原在细胞内表达，既可诱导抗原特异性的体液免疫，又可诱导特异的细胞免疫，免疫反应特点类似减毒活疫苗；
（3）免疫原的单一性。核酸疫苗只有编码所需抗原的基因被导入细胞中表达，载体本身没有免疫原性；
（4）发酵、纯化等生产工艺简单，大规模制备成本很低；
（5）构建周期短，有利于对病原抗原变异作出快速反应；
（6）外源基因容量大，可在病毒基因组规模进行表达，并且容易发展成多价疫苗；
（7）可以在新生儿体内甚至子宫内诱导免疫反应，可以使新生儿较早获得免疫，有利于降低某些疾病的垂直传播；
（8）储存要求简单，储存期长，无需冷链。