物流成本管理系统主要包括：
（1）物流成本核算层。物流成本核算层的主要工作包括：明确物流成本的构成内容；对物流总成本按一定标准进行分配与归集核算；明确物流成本核算的目的。
（2）物流成本管理层。是指在物流成本核算的基础上，采用各种成本管理与管理会计方法，来进行物流成本的管理与控制。结合物流成本的特征，可以采用的成本管理方法主要包括：物流标准成本管理、物流成本性态及盈亏平衡分析、物流成本预算管理、物流责任中心和物流责任成本管理等。
（3）物流成本效益评估层。是指在物流成本核算的基础上，再进行物流系统对企业收益贡献程度的评价，并进行物流系统经济效益的评估。在此基础上，对物流系统的变化或改革作出模拟模型，寻求最佳物流系统的设计。