生物医用材料的灭菌方法主要有三种，即：热灭菌法、化学灭菌法、辐射灭菌法。
①热灭菌法：热灭菌法是借助高温使微生物细胞蛋白质凝固。热灭菌可分为干热灭菌和湿热灭菌两种类型。干热灭菌又包括燃烧法和干烤法两种；湿热灭菌则可分为煮沸法和高压蒸汽灭菌法两种。干热灭菌法的特点是使用方便，可以在干燥情况下对大规模的装置进行杀菌操作，缺点是传热效果较慢，穿透力不是太强。适用于金属、玻璃和其他不畏焦化物品。湿热灭菌法的特点是穿透力较强，杀菌力增强；灭菌可靠，操作方便；易于控制，经济，适用于棉制品水液等不畏湿热制品。
②化学灭菌法：其原理是化学药品渗入到微生物的细胞内与其反应形成化合物，影响蛋白质和酶系统的生理活性，破坏了细胞的生理机能而导致细胞死亡，达到灭菌效果。临床及制品生产中经常使用液体与固体的水溶液和气体。优点是临床上经常使用，极其方便有效，缺点是：化学试剂的残留、毒性等。适用于不适于物理消毒灭菌而耐潮湿的物品，如锐利的金属、刀、剪、缝针和光学仪器等。
③辐射灭菌法：其原理是通过直接或间接的作用引起微生DNA、RNA、蛋白质、脂类等有机分子中化学键的断裂，导致微生物死亡。优点：灭菌彻底、操作安全、不污染环境；穿透力强，效果好，可以在材料和器具包装后再消毒；可在常温下进行，不必考虑材料耐热问题；过程可以连续化自动化，可靠性高，大量生产（或成批进行）时经济效果好；节约能源，处理费用较低；不会产生残留；对所有类型微生物都有效果。缺点：高分子材料可能发生降解或交联，颜色的变化--材料可能变黄甚至完全变暗。特别适用于“一次性使用”的高分子制品。