1.审计目标
财政财务审计是对被审计单位的财政财务收支及有关经济活动的真实性和合法性进行的审计。财经法纪审计是对严重违反财经法纪的行为所进行的专案审计。效益审计是对被审计单位（或审计项目）资源管理和使用的有效性发表审计意见，审计目标具有多样性和灵活性的特点。审计目标的差异决定了的审计程序和审计方法的差异。
2.审计范围和方向
一般情况下，财政财务审计和财经法纪审计是对历史的财务信息进行的审查和评价。而效益审计有可能使用对未来情况进行的分析和预测，多数情况下，效益审计要对未来提出改进建议。
3.所依据的评价标准
财政财务审计和财经法纪审计所依据的评价标准是法律、法规、有关准则和制度。效益审计由于每个项目的具体目标不同，所依据的评价标准也各不相同。
4.所运用的审计方法
由于审计目标的相对固定，财政财务审计和财经法纪审计所运用的方法相对比较固定。而效益审计项目的目标是多样的，审计对象范围也十分广泛，审计项目中为实现审计目标所采用的方法也是无法固定的，几乎社会科学研究的方法，在效益审计中都有可能用到。