二者的联系主要有以下方面：
（1）识别的重要账户及相关认定相同
在计划财务报表审计和财务报告内部控制审计工作中，都需要确定重要账户（列报）及相关认定。《企业内部控制审计指引》指出，在内部控制审计中，注册会计师在识别重要账户、列报及其相关认定时应当评价的风险因素，与财务报表审计中考虑的因素相同。因此，在这两种审计中识别的重要账户、列报及其相关认定应当相同。
（2）确定的重要性水平相同
在财务报表审计中，注册会计师旨在检查财务报表中是否存在重大错报。本着这个目的，注册会计师需要确定重要性水平。而在财务报告内部控制审计中，注册会计师旨在检查财务报告内部控制是否存在重大缺陷。所谓重大缺陷是指内部控制中存在的、具有合理可能性导致不能及时防止或发现财务报表出现重大错报的一项控制缺陷或多项控制缺陷的组合（PCAOB，2007）。因此，《企业内部控制审计指引》指出，财务报告内部控制审计与财务报表审计中确定的审计重要性水平相同。
（3）均采用风险导向审计模式，以风险评估为工作起点
在财务报表审计中，注册会计师采用风险导向审计模式，需要首先实施风险评估程序，识别和评估财务报表层次和认定层次的重大错报风险。在此基础上，分别予以应对。而在财务报告内部控制审计中，采用的也是风险导向审计的模式，注册会计师需要首先识别内部控制存在重大缺陷的风险，然后有针对性地应对。内部控制是否存在重大缺陷，实质上，是指财务报告内部控制是否足以应对财务报表层次和认定层次的重大错报风险，包括舞弊引起的重大错报风险。因此，可以说，两者对固有风险的评估方法和结果应当相同。
（4）内部控制了解和测试的方法相同
财务报表审计和财务报告内部控制审计两者对内部控制有效性的定义、了解和测试内部控制的方法相同。在测试控制的设计有效性时，两者都可能用到询问、检查、观察等程序，特别是穿行测试。在测试控制的运行有效性时，两者都可能用到询问、检查、观察、重新执行等程序。