商品霉腐的防治方法很多，主要有：
（1）加强库存商品的管理
1）加强人库验收。易霉商品入库，首先应检验其包装是否潮湿，商品的含水量是否超过安全水分。
2）加强仓库温湿度管理。根据商品的不同性能，正确地运用密封、吸潮及通风相结合的方法，相对湿度控制在不适宜于霉菌生长且不影响商品质量的范围内。
3）选择合理的储存场所。易霉商品应尽量安排在空气流通、光线较强、比较干燥的库房，并应避免与含水量大的商品同储在一起。
4）合理堆码，下垫隔潮。商品堆垛不应靠墙靠柱。
5）做好商品的密封工作。
6）搞好日常的清洁卫生。
（2）化学药剂防霉。防霉剂是防霉的主要方法，其原理是防霉剂的能使微生物菌体蛋白凝固、沉淀、变性；或破坏酶系统，使酶失去活性，影响细胞呼吸和代谢；或改变细胞膜的通透性，使细胞破裂、解体。低浓度能抑制霉腐微生物，高浓度就会使其死亡。
（3）商品防霉的其它方法。气调储藏防霉、紫外线防霉、微波防霉、红外线防霉、低温储藏防霉以及干燥防霉等。也可以根据商品性质可选用晾晒、加热消毒、烘烤、凉晒等办法，降低商品的含水率，破坏霉腐微生物的生存条件，达到防霉腐目的。