公元前213年时，博士淳于越提出上书秦始皇，建议分封诸子，而秦始皇则让大臣去讨论，而李斯认为这是在搞“私学”的人作“不师今而学古”，“道古以害今”的事，若不禁止，势必“主势降乎下，党与成乎下”，因而建议焚烧私人所藏的诗，书，百家语和秦记以外的各国历史记载，并严令：“有敢偶语诗书者”要“弃市”，“以古非今者”要灭族，其目的就是要禁绝“私学”，强制人们“学法令，以吏为师”，使国家法令能够“定一尊”，而也是法家商鞅“燔诗书而明法令”政策的具体化及扩大化。
坑儒在焚书开始之后的第二年，即公元前212年，为秦始皇寻找长生不老之药的术士侯生、卢生寻药未果而出逃，秦始皇大怒，下令拷问咸阳术士。事后，将相关460名术士在咸阳坑杀。需要注意的是，《史记》记载秦始皇坑杀的乃是方士，并不是儒生。