控告受理机关在接到控告书后，应按照以下程序进行处理：
一、立案
受理机关在收到控告书后，对控告事项进行初步审查，认为被控告者存在违法违纪的事实，需要追究责任，且案件属于受理机关的管辖范围的，予以立案。立案、不立案或案件转移应当告知控告人。
二、调查
立案后，由调查部门组织实施调查，收集有关证据，案件涉嫌单位和涉嫌人员有接受调查的义务，也有陈述和申辫的权利。对于立案调查的案件，经调查认定不存在违法违纪的事实的，或者不需要追究责任的，应当予以撤销，并告知控告人和被调查单位及其上级部门或被调查人员及其所在单位；经调查，若有证据证明违法违纪事实，需要追究责任或者作出其他处理的，应当进行审理。
三、审理
审理部门受理案件后，应指定两个或两个以上的承办人，负责对违法违纪的事实和证据、性质以及责任进行审查核实，必要时，可以同被调查者核对事实，听取其陈述和辩解，最后将审阅情况和初步处理意见提交案件审理部门集体审议并形成审议意见，承办人据此草拟审理报告，审理部门负责人审核后，连同相关材料呈报受理机关主管领导。
四、作出处理决定或建议
受理机关区分不同情况对控告作出处理决定或建议；监察机关可以作出监察决定或者监察建议。“决定”或“建议”的内容包括：1、纠正或撤销违法违纪的决定、命令等；
2、纠正或撤销不适当的录用、任免、奖惩决定；
3、给予公务员行政处分；
4、给予行政处罚；
5、给国家、集体或公民造成损失的，采取补救措施；
6、没收、追缴或者退赔违法违纪所得。
五、执行
上述机关或人员应当自收到处理决定之日起30日内将执行“决定”或采纳“建议”的情况通报控告的受理机关。