（1）I类基因区内含经典HLA的A、B、C基因位点和新近确定的非经典HLA的E、F、G、H等基因位点。HLA的A、B、C各位点基因编码HLAI类抗原分子的重链（α链），与β2m结合共同组成人类的HLAI类抗原。
（2）Ⅱ类基因区包括HLA的DP、DQ、DR三个亚区和新近确定的HLA的DN、DO、DM三个亚区。HLA的DP、DQ、DR三个亚区编码相应的HLA的DP、DQ、DR抗原的α链和β链，组成HLAⅡ类抗原。
（3）Ⅲ类基因区位于I类与Ⅱ类基因区之间，内含众多编码血清补体成分和其他血清蛋白的基因，主要基因产物为C4、C2、B因子、肿瘤坏死因子和热休克蛋白70等。