在组织形式、出资方式、组织机构、利润分配、企业终止时财产的归属等几方面的不同是：
（1）合资企业是股权式企业，合资双方投资要折算成股份，并按持有股份的比例分享利润和分担风险及亏损，合作企业是契约式企业，合作双方投资不折算为股份，而是按合作企业合同约定分享利润和分担风险及亏损。
（2）合资企业都具有法人资格。合作企业分为两种，法人型合作企业具有法人资格，合伙型合作企业不具有法人资格。
（3）合资企业的最高权力机构是董事会。合作企业的最高权力机构不完全相同，法人型合作企业的最高权力机构是董事会，合伙型企业的最高权力机构是联合管理机构。合作企业还可以委托合作一方或合作方以外的他人经营管理。
（4）合资企业终止时要进行清算，合资双方按投资比例对剩余资产进行分配。合作企业如果在合作企业合同中约定了外国合作者在合作期限内先行回收投资的办法，合作企业终止时其全部固定资产归中国合作者所有。