1.城乡结构矛盾明显，妨碍了农村剩余劳动力转移的速度和规模
一是我国城市化进程明显滞后于工业化进程。二是城乡二元户籍制度及由此衍生的城乡居民身份差异给农村劳动力的自由迁移增加了成本和风险，影响了人力资源的合理配置。三是农村劳动力职业技能不高，就业竞争能力较弱。结构调整、产业升级、第三产业的快速发展，在创造了大量就业机会的同时，就业结构变化导致了劳动力供给结构与劳动力需求结构出现较大差异，缺乏技能的劳动力供大于求。四是随着城市失业数量的增加，农村劳动力与城市劳动者在就业市场中的竞争愈加激烈，过高的城市失业率会加大农村劳动力在城市寻找工作的机会成本。
2.农民工的就业环境不宽松
农村剩余劳动力进城就业的行业、工种限制虽然正在逐步取消，但仍存在其它制度性的限制，对农村剩余劳动力的就业歧视还未完全消除；城镇公共就业管理服务体系对农民剩余劳动力开放还需解决观念、体制和物质技术条件等问题，让农民工享受与城镇居民同等的公共就业服务还需做大量工作。
3.农民工的工资待遇和权益维护与其实现稳定就业的需求之间存在较大差距
当前农民工劳动权益得不到保障的问题依然严峻，表现最为突出的问题包括：克扣和拖欠工资，强制加班加点和超时工作，劳动和卫生条件恶劣，不按规定与农民工签订劳动合同等。
4.农民工社会保障普遍缺乏
由于历史和现实的原因，我国社会保障体系薄弱，不少企业不为进城就业的农村剩余劳动力缴纳社会保险费，企业将社会保险金负担转嫁给劳动者个人而形成超额利润，这一方面使资本积累加快，另一方面使劳动者贫困加深。