《合同法》第19条规定，有下列情形之一的，要约不得撤销：(一)要约人确定了承诺期限或者以其他形式明示要约不可撤销；(二)受要约人有理由认为要约是不可撤销的，并已经为履行合同作了准备工作。《合同法》第20条规定，有下列情形之一的，要约失效：(一)拒绝要约的通知到达要约人；(二)要约人依法撤销要约；(三)承诺期限届满，受要约人未作出承诺；(四)受要约人对要约的内容作出实质性变更。本题中，因为甲公司的要约中规定了承诺期限，所以要约不得撤销，要约也就不可能因为甲公司要撤销要约而失效，故排除A、C两项。“6月13日，甲公司收到乙公司的回复，乙公司表示红木缺货，问甲公司能否用杉木代替。”这实际上是乙公司对甲公司的要约内容作出了实质性变更，已经属于新要约，因此甲公司关于订购红木的要约在6月13日失效，失效的原因是乙公司对要约的内容作出实质性变更，故排除D项，B项正确。