按管辖的对象划分，公海上的管辖权可分为船旗国管辖和普遍性管辖两种。在公海上的船舶受船旗国的专属管理。登临权和紧追权是船旗国专属管辖的两个例外。在行使船旗国管辖的情况下，除遵循国际法一般规则外，主要适用船旗国的国内法；在行使普遍管辖权的情况下，则适用国际公约、国际习惯法的一般规则和特别的国际协定。
根据国际习惯法和国际公约规定，军舰和经授权的国家公务船舶，在公海上代表国家行使管辖权。行使管辖权的方式主要有登临权和紧追权。