根据《财政部、国家税务总局、中国人民银行关于所得税收入分享改革后有关所得税退库管理的通知》规定，各地国库退付跨地区经营、集中纳税企业多缴的税款及利息，在当月预算收入的该科目中退付；不足退付的，在企业下期缴纳的税款中退付。凡企业不再缴纳所得税税款但需办理退税的，由企业总机构向财政部提出申请，并附有关证明材料，经财政部审批并开具“收入退还书”后，由中央总金库从相应预算收入科目中退付，各地方财政应承担的部分，年终由中央财政通过结算扣回。