（1）纳税人报送资料种类齐全，填写内容完整，签章齐全规范的，办税服务厅当场受理，同时将《非居民企业股权转让适用特殊性税务处理备案表》签字盖章后返还备案人一份；资料不齐全的，一次性告知备案人需补正资料。
（2）办结后，办税服务厅应当于1个工作日内将资料转县（市、区）局国际税收管理部门进行后续管理。（3）县（市、区）局国际税收管理部门协同税源管理部门调查核实，25个工作日内将全部备案资料以及处理意见传递市局国际税收管理部门。
（4）市局国际税收管理部门4个工作日内审核并将全部备案资料以及处理意见上报省局国际税收管理部门。（5）非居民企业向与其具有100%直接控股关系的居民企业转让其拥有的另一居民企业股权，受让方和被转让企业不在同一省或分别由国税机关和地税机关管辖的，受让方所在地省税务机关收到主管税务机关意见后30日内，应向被转让企业所在地省税务机关发出《非居民企业股权转让适用特殊性税务处理告知函》。