与陆生动物比较，水生动物的种质资源存在特殊性，水生动物和陆生动物在种质资源的研究和保护上存在着各方面差异。
（1）国家所有权不明确。大量的海洋水域没有国家所有权，研究、开发、保护和管理非常复杂。
（2）栖息环境易受污染。生活废水、工业污染、交通运输、养殖污染等造成的江、河、湖、海污染日益严重。
（3）观察研究难。生活在水中，比陆生动物难观察、研究和计数，限制了检测物种和种群的能力发现其变化规律更难。
（4）生物多样性高。海洋生物门类几乎是陆地生物门类的2倍。
（5）表型变异性大。多为生活在水中的变温动物，应变外界环境变化能力低，易受环境波动影响。
（6）杂交能力强。特别是鱼类有不寻常的杂交能力，种间，属间远缘杂交。
（7）释放事件对环境和生态系统影响大。外来种入侵，基因污染等。
（8）野生群体渔用和保护矛盾突出。酷渔滥捕。
（9）人工控制繁殖少。至今仍主要集中在水产养殖和观赏鱼的育苗上。
（10）重视程度低。保护目前仍主要集中在一些特定地理区域的种类。