将DSS与MIS的内在联系归纳为以下四个方面：（1）MIS能够收集、存储系统运行及决策所需要的信息，是DSS存在维持其正常工作的基础，而DSS能使MIS管理和存储的信息真正发挥作用。（2）MIS负责决策执行后反馈信息的收集工作，可以支持DSS进行后果检验和评价。（3）DSS的工作可以对MIS工作进行检查与审计，有助于MIS功能的改进和增强。（4）DSS经过反复使用，所解决的半结构化问题往往会逐步转向结构化问题，从而归并入MIS的工作范围。
DSS与MIS的区别：（1）MIS完成的是系统的某个例行的信息处理，追求的目标是高效率、低成本、是设法把事情办得快一些；而DSS考虑的是系统的某类决策活动所需的信息，其追求的目标是有效性，即想办法把事情办得尽可能好一些，提高决策的效果。（2）MIS的设计思想是实现一个相对稳定协调的工作系统，按结构化系统设计方法进行设计，强调系统的客观性，努力使系统设计符合系统的现状；而DSS设计思想是努力实现一个具有巨大发展活力的、适应性强的开发系统，其设计方法则强调充分发挥人的经验、判断力、创造力，强调其未来的发展，努力使决策更加正确。（3）在系统运行方面，MIS中人工干预尽可能少，而DSS则以人机对话方式为系统的主要工作方式。（4）MIS的设计方法是以数据驱动的，而DSS的设计方法是模型驱动的。另外，DSS还强调用户参加系统开发的重要性。（5）MIS趋向于信息的集中管理，而DSS趋向于信息的分散使用。（6）MIS的分析着重体现系统全局的、总体的信息需求，而DSS的分析着重体现决策者个人的信息重要。总之，DSS与MIS的主要区别是设计思想和工作对象的差别，它们体现了人们对信息处理工作逐步深入和逐步积累知识过程中的不同阶段，作为人类认识世界的工具，它们是不能相互代替的，各有各的地位和作用。