重庆谈判双方争论的焦点是解放区军队和政权问题。国民党代表企图以“政令军令统一”为借口，取消中共领导的解放区和人民军队。中共坚决要求在承认解放区民主政权和人民军队的合法地位原则下适当作出让步，但由于国民党独裁统治和一党专政的阴谋，该问题未达成协议。
在中共努力推动下，于10月10日国共代表签订了《政府与中共代表会谈纪要》，即双十协定。它迫使国民党承认和平建国的基本方针，国民党若破坏政治协定，发动内战，就会失去人心；同时共产党在政治上取得可主动地位，在人民面前表现了和平的诚意，在国民党统治区和各民主党派中扩大了影响；而且双十协定是以国共两党协商方式产生的一个正式文件，它的发表，表明了国民党不得不承认中国共产党的平等地位。