从进料开始，到能够正常稳定的生产沼气的过程，称为沼气发酵的启动。
1、粪料的选择：第一池发酵原料，除了应尽量采用纯净的牛、马、驴粪便外，还可采用2／3的猪粪+1／3的牛（马、驴）粪。不要单纯用鸡粪或猪粪装料，因这些原料易产酸，不能正常产气；不能用羊粪作原料，因羊粪易结壳，不能长期利用；不能用作物秸秆作原料，因作物秸秆不易出料且结壳。
2、粪料的处理：一般一个8立方米的沼气池，选择1.8-2立方的新鲜粪便就够了。装料前应将原料倒碎，加水拌匀，加水量以粪堆底部不出水为宜，进行堆沤处理，低温时加盖塑料布，夏季正常天气堆沤3-5天，冬季堆沤1周左右，一般看粪料变为深灰褐色，粪堆中间粪不变白，用手摸烫手方可装料为好。
3、准备好接种物：俗称发酵引子，正常使用沼气池的沼渣、沼液、粪坑里的臭水及粪料等，接种物要达到发酵料液总量的10-30%（大换料的沼气池留10-30%沼渣、沼液作为接种物）。
4、配料：
农村户用沼气池启动配料比例为：接种物：原料：水=1：2：5。以8-10立方米的沼气池为例，接种物为0.8-1立方左右，原料为1.8-2.5立方左右，水为5-6.25立方左右。
5、装料：在装料前应将打压时的水抽净。将堆沤加热好的原料，加入10-30%的接种物，从水压间一起投入池内，注意小井即水压间不要堆放原料，因产气后进入不了主池而浪费掉，在装料时，防止各种农药、洗衣水及有毒死的猫、狗等动物尸体装入池内。
6、加水：
①水的选择：最好选用晒热的污水坑里发泡的污水或池塘里的水或晒热的河水，取水困难的可采用晒热的井水（注意水温必须在20℃以上），切记不能加入冰凉的井水或自来水，因沼气池的结构如同保温瓶，加入凉水后，要靠外部提高其温度十分困难，原料中的菌种被激死，不能正常发酵产气。
②加水方法及用量：投完料后，将准备好的水从水压间加入，加至距天窗口50公分处即可，一般情况下，一个8-10立方米沼气池应加入5-6.25方水。注意沼气池启动和发酵中，加入多少原料和水，直接影响到料液浓度，料液浓度大小（稀稠）影响发酵效果，过稀则有效物质少，不易启动且产气时间短，过稠则不利于细菌活动，原料分解慢，产气慢而少。料液适宜浓度随季节变化，一般夏季浓度6%-8%为宜，春秋季浓度10%-12%为宜。
7、料液酸碱度（PH值）：沼气池发酵液最适宜酸碱度（PH值）为：6.5-7.5，过酸（PH﹤6.0）或过碱（PH﹥8.0）都不利于原料发酵和产气。一个启动正常的沼气池一般不需要调节PH，靠其自动调节就可达到平衡。但是，沼气发酵启动过程中，一旦发生酸化现象，往往表现为所产气体长期不能点燃或产气量迅速下降，甚至完全停止产气，发酵液颜色变黄。为加速PH调节，可先从沼气池中取出部分发酵液后，重新加入大量的正常沼气池中的沼液，也可加入石灰水调节，已达到正常产气的目的。
8、封池：一般用石灰胶泥（红胶泥）密封活动盖，先将胶泥土锤碎，用细筛筛去粗粒和杂物，加水搅拌，揉搓成硬面团状。封盖前先清洗蓄水圈、活动盖口及周边及表面，然后将揉好的胶泥均匀地涂抹在活动盖口表面，再将活动盖坐在胶泥上，用脚踏紧，使之紧密结合，然后将水灌入蓄水圈，养护1-2天即可。
9、放气试火：沼气发酵启动初期，所产生的气体主要是二氧化碳和空气，甲烷含量低，通常不能燃烧。当压力表达到4个以上水柱时，应放气试火，一般放气1-3次后，所产气体中的甲烷含量到30%以上时，便可点燃使用。