苏云金杆菌的毒素来自两方面：一是-内毒素，另一是-外毒素。-内毒素是苏云金杆菌的主要毒素。伴胞晶体被昆虫吞食进入肠道，在肠道碱性条件下，伴胞晶体水解成毒性肽，毒性肽很快发生毒性，幼虫停止进食，麻痹，进一步作用使中肠的上皮细胞遭受破坏。被吞食的芽胞侵入血腔，并在那里繁殖使幼虫患败血症。同时肠液也进入血腔使血淋巴pH值上升，幼虫全身瘫痪，虫体软化，腐烂，发黑，最终死亡。-外毒素的杀虫机理还不完全清楚，根据研究指出，它有抑制RNA聚合酶的作用。