（1）防御外来致病菌：如组成人体肠道黏膜表面形成一道生物学屏障，阻止病原体的入侵和粘附。正常菌群的酸性代谢产物，造成肠内酸性环境，抑制病原体生长。
（2）营养作用：参与宿主的营养代谢及吸收。合成人体必需的维生素，如烟酸、生物素、泛酸等。
（3）免疫作用：对机体的免疫功能包括：促进免疫系统的发育成熟；作为非特异性抗原来刺激机体的免疫应答；增强免疫细胞的活性。
（4）抗肿瘤作用：能产生一些酶类代谢产物作用于致癌物质；抑制硝胺的合成或降解硝胺；作为抗原或免疫佐剂，刺激免疫系统，增强机体的非特异性和特异性免疫功能。