细菌的鞭毛是细菌的“运动”器。主要是由鞭毛蛋白构成，与真核生物的鞭毛由微管蛋白构成不同，也没有“9+2”结构，细菌鞭毛的运动是靠H+推动的。纤毛又称为菌毛，比鞭毛更细，短而直硬，数目很多，不具运动功能。菌毛（纤毛）有两种，普通菌毛和性菌毛，普通菌毛广泛存在于肠道细菌中，作用是细胞能通过菌毛粘附在多种细胞上，由此获得立足点，进而侵入粘膜引起感染。性菌毛数目少，一个细菌只有1～2个，但比普通菌毛长而粗，带有性菌毛的细胞中带有F+因子，它在细菌的有性生殖时，是传递F+因子的通道。