沙眼衣原体，人是其自然宿主，根据生长特性和对人及动物的致病力不同，沙眼衣原体分为三个生物变种即沙眼生物变种、性病淋巴肉芽肿变种和鼠生物变种。鼠生物变种一般不引起人类疾病。沙眼生物变种主要寄生于人类，其传播方式主要通过眼-眼及眼-手-眼传播，引起沙眼。其二是通过性接触传播，主要引起包涵体结膜炎和泌尿生殖道感染。如包涵体结膜炎、尿道炎、附睾炎、直肠炎、宫颈炎、输卵管炎、盆腔炎。新生儿通过产道时受到感染可引起滤泡性结膜炎。性病淋巴肉芽肿生物变种，人是自然宿主，主要通过性接触传播，侵入腹股沟淋巴结，引起化脓性淋巴结炎、慢性淋巴肉芽肿。