农业生态系统中的生物类群多数是按照人类的目的（如高产、优质、高抗等）驯化培育而来的，物质循环与能量转化能力得到进一步的加强和扩展，呼吸消耗降低，因而农业生态系统比同一地区的自然生态系统具有较高的生产力和较高的光能利用率。
除了强调农业生物自身的同化效率和积累能力所形成的自然生产力，农业生态系统更注重农业生物的经济生产力，即各种农业生物提供经济产量的能力。经济产量是人类干预生态系统的目标，表现为可以被人类利用的产品数量及其价值量的大小。经济生产力最终表现为纯收入的多少。这是自然生态系统所不具有的生产力特点。