（1）内地与港澳地区的铁路货物运输，既不同于我国与其他国家铁路间开展的国际铁路货物联运，又有别于单纯的内地铁路货物运输。
（2）在运输组织管理方面，内地与港澳地区的铁路货运除应按铁道部和香港九广铁路公司的运输管理相关规定执行外，还应符合我国外经贸部等部委制定的有关对外贸易运输的规定要求。
（3）在货运结构方面，内地出口港澳地区的铁路货物运量大于其港澳地入境运量，且出口货物中鲜活商品的运量比重较大，约占出口过轨运量的一半。此外，两地间集装箱货物的运量也呈迅速上升之势。
（4）在运输方式方面，内地与港澳地区的铁路货物运输为集装箱货物在指定办理站之间的“一票直达”与其他货物的“租车方式、两票运输”两种方式并存，各行其道。内地与澳门地区的铁路运输，由于广州至澳门无直通铁路，因此出入境货物一般在广州地区的铁路货运站中转，采用公路、水运等方式从广州转运至澳门。