（一）、互生关系
1、纤维素分解菌与固氮细菌
2、石油污水处理中食酚细菌与硫细菌利用酚、NH₃、H₂S
3、废水处理氧化塘中细菌与藻类、蓝细菌之间
（二）、共生关系
地衣：真菌与藻类形成的共生结构
（三）、拮抗关系
1、乳酸细菌产酸，产碱杆菌产碱，大肠杆菌产生大肠杆菌素
2、产生抗生素的微生物产生次生代谢产物——抗生素
放线菌、真菌如链霉菌产生的链霉素能杀死结核杆菌
青霉菌产生青霉素杀死革兰氏阳性细菌
放线菌产生丝裂霉素C对细菌有抑制和杀死作用
多粘芽孢杆菌产生多粘菌素能杀死革兰氏阴性菌
（四）、猎食关系
1、原生动物以真菌、细菌等为食物，大量吞食其细胞
2、原生动物之间互为食物
3、原生动物以真菌细菌的代谢贮存物颗粒为食物
（五）、寄生关系
1、噬菌体对细菌
2、真菌相互之间
3、细菌真菌对原生动物
（六）、接力关系
1、氨化细菌、亚硝酸细菌、硝酸细菌对N素的转化
2、一个以甲烷作唯一碳源的加富营养体，只有一种菌能利用甲烷产生甲醇，产生的甲醇由生丝微菌分解，二者达总数的98-99％
（七）、竞争关系
1、有些种产生有毒物使环境对其他MS不利
2、一类MS对氧气的消耗抑制专性好气MS
3、自养型MS产生硝酸及硫酸影响对酸敏感的MS