湖泊碳酸盐岩的沉积类型，依其地质产状，大体可分为三类：
一是骨架碳酸盐岩的岩体，主要为礁、礁丘和生物层；
二是颗粒碳酸盐岩的岩体，主要为滩、堤、坝和“砂嘴”；
三是泥晶碳酸盐岩的岩体，主要为层状岩体。
一、湖泊骨架碳酸盐岩沉积类型
（1）.湖泊生物礁：湖成生物礁是指湖泊造架生物形成的岩隆。以东营凹陷西部平方王礁体为例：平方王礁体形成于清水区，位于水下低隆起上（包括斜坡带的上部），水体循环好，阳光充足；发育于咸水至半咸水湖泊期，造成了淡水生物和海源生物繁盛共存。礁体可分为四个微相，即礁核微相、前礁微相、礁缘微相、后礁微相。平方王礁体纵向上微相变化明显，单体规模小，相邻的微相叠加，类似的微相重复频繁，因此礁体是在水体进退、升降较为频繁的条件下，由不同时期沉积的不同礁体，以不同相带相互叠加而成的。
（2）湖泊礁丘：礁丘，是以生物（包括微生物）建造作用为主导，由骨架岩、颗粒碳酸盐岩和泥晶碳酸盐岩共同组成，但以泥晶碳酸盐岩为重要或主要成分的半深水岩隆，是生物礁和深水泥丘间的过渡性岩体。其岩体特征及形成过程也介于礁与深水泥丘之间。
（3）湖泊生物层：湖泊生物层由湖相造架生物形成，主要发育于盆地缓坡带，但陡坡混水区也有发现。生物层以管状藻白云岩为主体，并混有多种颗粒组分，呈层分布，管状藻白云岩常覆于颗粒碳酸盐岩沉积之上，形成砾屑白云岩、鲕粒白云岩、藻团粒白云岩、管粒藻生物骨架岩序列，也就是说生物层常在水进层序的上部。