1.审级不同。第二审程序和第一审程序是两个不同审级的审判程序。第一审程序是人民法院受理当事人的起诉并对其进行审判的程序；第二审程序则是第一审人民法院的上一级人民法院受理当事人的上诉并对其上诉的案件进行审判的程序。上诉必须是向作出第一审判决、裁定的人民法院的上一级人民法院提出。如果不服第一审人民法院作出的裁判，在法定上诉期限内，当事人可以依法行使上诉权；但我国实行的是两审终审制，第二审程序即为终审程序，当事人对第二审人民法院作出的裁判不得再行上诉。
2.审判对象不同。第一审程序中人民法院审判的对象是被诉具体行政行为的合法性；第二审程序中人民法院审判的对象不仅是被诉具体行政行为的合法性，而且包括第一审人民法院所作的裁判。
3.审判程序引发的缘由不同。第一审程序是由于行政管理相对一方不服行政机关所作的具体行政行为行使起诉权而引起；第二审程序则是由于行政诉讼当事人不服第一审人民法院所作的裁判行使上诉权而引起。提起行政诉讼的原告一方当事人只能是行政管理相对一方的公民、法人或其他组织，而提起上诉的当事人可以是第一审程序中的原告，也可以是作为被告的行政机关，还可以是与被诉具体行政行为有利害关系的第三人。
4.审结期限不同。第一审判决应当在立案之日起三个月内作出；第二审判决应当在收到上诉状之日起两个月内作出。
5.审理方式不同。人民法院对第一审行政案件不能进行书面审理，而对第二审行政案件，如果人民法院认为事实清楚，则可以进行书面审理。
6.审判结果不同。第一审人民法院对审理终结的行政案件，只能以判决的方式结案；而第二审人民法院对审理的上诉案件，则可作出判决，也可作出裁定。第一审判决的形式包括判决维持、判决撤销或部分撤销、判决履行、判决变更；第二审判决的形式包括维持原判和依法改判，并可裁定撤销原判、发回原审人民法院重审。