（1）签订主体不同：劳动合同是劳动者与企业双方签订的，而就业协议是毕业生、用人单位和毕业生所在学校三方签订的。具体来说就是《高校毕业生就业协议书》是毕业生在校时，由学校参与见证的，与用人单位协商签订的，是编制毕业生就业计划方案和毕业生派遣的依据，劳动合同是毕业生与用人单位明确劳动关系中权利义务关系的协议，学校不是劳动合同的主体，也不是劳动合同的见证方，劳动合同是上岗毕业生从事何种岗位、享受何种待遇等权利和义务的依据。
（2）签订者身份存在区别：签订协议书的一般是应届毕业生，而签订劳动合同的可以是应届毕业生也可以是社会劳动者。
（3）效用和内容的区别：协议书是毕业派遣、签发报到证的重要依据，而劳动合同不具备此效用。（备注：只有与国家机关、行政事业单位、国有企业等具有人事编制或人事权的单位签订的就业协议书才具有派遣权）《高校毕业生就业协议书》的内容主要是毕业生如实介绍自身情况，并表示愿意到用人单位就业，用人单位表示愿意接收毕业生，学校同意推荐毕业生并列入就业划进行派遣。劳动合同的内容涉及劳动报酬、劳动保护、工作内容、劳动纪律等方方面面，更为具体，劳动权利义务更为明确。
（4）签定时间的区别：一般来说《高校毕业生就业协议书》签订在前，劳动合同订立在后，如果毕业生与用人单位就工资待遇、住房等有事先约定，亦可在《高校毕业生就业协议书》备注条款中予以注明，日后订立劳动合同对此内容应予认可。《高校毕业生就业协议书》是毕业生和用人单位关于将来就业意向的初步约定，对于双方的基本条件以及即将签订劳动合同的部分基本内容大体认可，并经用人单位的上级主管部门和高校就业部门同意和见证，一经毕业生、用人单位、高校用人单位主管部门签字盖章，即具有一定的法律效应，是编制毕业生就业计划和将来可能发生违约情况时的判断依据。