甲公司与乙公司就双方签订的加工承揽合同达成仲裁协议，约定一旦合同履行发生纠纷，由当地仲裁委员会仲裁。后合同履行发生争议，甲公司将乙公司告上法庭。对此乙公司没有向受诉法院提出异议。开庭审理中，甲公司举出充分证据，乙公司败诉几成定局，于是乙公司向法院提交了双方达成的仲裁协议。法院审查后认为该仲裁协议无效，此时应如何处理？

A市甲公司与B市乙公司在C市签订一份合同，该合同履行地在D市，合同中的仲裁条款约定，如本合同发生争议提交C市仲裁委员会仲裁。现甲、乙两公司发生合同纠纷，甲公司欲申请仲裁，得知C市未设立仲裁委员会，但A。B、D三个市均设立了仲裁委员会，甲公司应当怎么办？