⑴、无政府状态的性质和结果。新现实主义和新自由制度主义都承认国际社会处于无政府状态，但新现实主义更强调无政府状态对国家行为的制约作用，而新自由制度主义则没有把无政府状态的程度和结果看得太重。
⑵国际合作。新现实主义和新自由制度主义都承认国际合作是有可能的，但在国际合作发生的条件和合作的可靠性上存在分歧。新现实主义认为，国际合作很难成功，即使成功了也很难维持；新自由制度主义则认为，国际合作是正常的、经常发生的现象，国际制度和理性选择能保障合作的成功。
⑶相对收益和绝对收益。新现实主义关注相对收益，计算自己所得是否多与别人；新自由制度主义则认为国家应以绝对收益为目的，即考虑在合作中能否获得利益。
⑷国家的优先目标。新现实主义和新自由制度主义都认为国家安全与经济福利是国家的主要目标，但分歧在于何者更重要。新现实主义强调国家安全，而新自由制度主义强调经济福利。
⑸意图和实力。新现实主义更注重国家的实力而不是意图，而新自由制度主义则强调国家意图的重要性。
⑹制度和机制。新现实主义和新自由制度主义都承认国际制度和国际机制发挥作用，但是在制度安排的重要性上存在分歧。新现实主义坚持无政府状态是国际社会的基本特征，国际制度和国际机制无法有效地发挥作用，而新自由制度主义则认为，国际制度和机制可以缓解无政府状态对国家间合作的限制，能够独立的发挥作用。