最高院关于建设工程施工合同纠纷案件司法解释第二十一条就建筑市场大量存在的黑白合同的处理作了规定。根据最高院民一庭庭长黄松有主编的《最高院关于建设工程施工合同司法解释的理解与适用》一书第192页、193页的内容，此条司法解释针对的是依法应当招标的工程存在黑白合同的情形，目的是为了与《招标投标法》第四十六条禁止性规定相一致，确保当事人能够将通过公开、公平、公正招投标程序确定的实质性内容落实到合同当中，并确保当事人按照该实质性内容履行。因此，当依法应当招标的工程（具体详见国务院发改委3号令）的发包方与承包方在工程价款、工程质量、工期方面发生纠纷的，司法处理时应当以备案的中标合同相应内容为结算工程价款的依据。
至于其他不属于依法应当招标的工程签订黑白合同发生纠纷时以哪一份合同为依据，我认为要按照《合同法》的相关规定执行：有时间先后的，以后签订的合同为准；没有时间先后或不能证明时间先后或虽有时间先后但双方实际履行的是先签订的合同的，则以实际履行的合同的为准；既无时间先后、又无法证明实际履行情况的，则以备案的合同为准。