11世纪末，意大利出现最早的世俗大学博洛尼亚大学。12世纪后，其它国家和地区也相继出现大学，如巴黎大学和牛津大学。13世纪后，又出现维也纳大学、剑桥大学、海得堡大学、奥尔良大学、帕伦西大学（西班牙）、里斯本大学（葡萄牙）等。
中世纪大学摹仿城市的行会，形成学生和教师的特殊联合，“大学”一词就是指有权决定学校事务的学生同乡会和教师行会的联合。教师行会负责管理学生、制定教学内容、举行考试和授予学位等项工作；学生同乡会负责规定章程、聘任教授并监督他们的工作、确定学费金额和教学时间等事项。
中世纪的大学也像城市那样完全实行自治，不受任何上级管辖，也不受所在地方的限制。如果学校与市政当局发生矛盾，或对所在地条件不满意，便会搬迁到其它地方继续办学，因而有流动特点。大学的自治性还表现在它享有其它一些特权，如免税和免兵役，不受普通司法机关管辖等。
大学大学一般设四科：神科、文科、医科、法科。文科属基础教育，教学内容是拉丁语和“七艺”，“七艺”又分“三艺”和“四艺”，学生先学习“三艺”，即文法、修辞和逻辑，逻辑课学生要研读亚里斯多德的《工具论》，学习结束后通过考试获“学士”学位。然后再修“四艺”，即算术、几何、天文和音乐理论。“四艺”学完后通过考试获硕士学位。取得硕士学位的学生有资格选修神、医、法三科中的一科，并在其中任何一科通过考试毕业后，获博士学位。
在三科当中，神科毕业生前途最好。同时，教会的势力也逐步渗透到大学，使经院哲学逐渐成为大学的主导内容，有自由思想的教师被教会排斥。14世纪以后，大学基本上处于教会控制之下，教会代表是学校管理者，教授则由教会任命，这表明西欧仍处在社会转型时期，世俗大学还未摆脱教会。不过，世俗大学比教会学校毕竟有了很大的进步，不仅生源广泛，教学内容也毕竟有了世俗的内容，这为新思想的出现奠定了基础。