我国实行分税制财政体制改革的指导思想是：
（1）正确处理中央与地方的分配关系，调动两个积极性，促进国家财政收入合理增长。既要考虑地方利益，调动地方积极性，又要适当增加中央财力，增强中央政府的宏观调控能力。
（2）合理调节地区之间财力分配。既要有利于经济发达地区继续保持较快的发展势头，又要扶持经济不发达地区的发展和老工业基地的改造。
（3）坚持统一政策与分级管理相结合的原则。中央税、共享税以及地方税的立法权都要集中在中央，税收实行分级征管。
（4）坚持整体设计与逐步推进相结合的原则。分税制改革既要借鉴国外经验，又要从我国的实际出发。