第一，提升企业创新能力，壮大创新主体。企业是创新的主体。建设创新型国家，实施自主创新的国家发展战略应体现在企业行为上。特别是从不同类型企业自主创新效率的比较来看，我国国企、民企和外企三类企业在创新方面的障碍是不一样的。国企自主创新的体制不健全，创新的激励机制不强；民企员工素质不高、融资渠道狭窄、自身研发力量弱，以机会和低廉劳动力成本为发展战略，热衷于寻找“一招制胜”的灵丹妙药，忽视自主创新的基础工作。外企的知识外溢很低，“市场换技术”没有换来核心技术。针对我国企业发展实际情况，我们必须通过发展战略转型来提升企业自主创新能力，特别是要积极发挥民营企业在自主创新中的重要作用，努力壮大自主创新的主体。比如，努力推进民营企业逐步走出家长式管理和封闭式运行，建立良好的契约治理机制，形成自主创新能力提高的制度基础；优秀的民营企业要从产品经营、资本运营走向品牌运营，在自主品牌的塑造过程中提高自主创新能力，在价值链的高端寻求高利润；民营企业要走出盲目多元化误区，过度多元化的民营企业要“回归主业”和主业重构。
第二，发挥政府制度保障作用，营造创新环境。创新型国家的建设需要形成有利于创新的社会环境，政府作为创新活动的重要参与者，除了在公共技术研发投入中发挥引导作用外，其最大的职能在于提供制度保障，营造创新环境。政府应该在法制规范、政策制定、舆论营造中发挥服务型作用，如通过完善知识产权制度，对创新行为进行鼓励和保护；建立以鼓励冒险、分散风险的风险投资制度，为自主创新提供金融支持体系；在创新环境上，政府要为创新人才和创业人才提供良好的生存环境，完善创新活动硬件和软件环境。
第三，强化中介组织的联动集成，完善创新服务体系。适应于创新型国家建设需要的市场体系结构应该是将过去的“政府-市场或企业”的二元市场结构转变为“政府-中介组织（中间服务体系）-市场或企业”的三元市场结构。在这种市场体系结构下，以官产学研合作体制改革为突破口，整体推进创新的中介服务体系的建设，特别是要完善包括技术市场、人才市场、信息市场、产权交易市场等在内的生产要素市场体系，逐步培育和规范管理各类社会中介组织，强化中介组织的联动集成作用，形成有利于创新的市场体系结构，为技术创新提供集中高效服务，提高技术创新成功率。
第四，推进教育创新，培育创新人才。教育能否发挥其培育创新人才、提供智力和人力支持的作用，是创新型国家建设成败的关键。一是要充分发挥高等教育创新源和科研院所智力源的作用，增强高校科研投入，改革科研评价体系，激励科研人员的积极性。二是发挥高校人才培育功能和大力发展职业教育，实现实验室人才和创业型人才结合，培养一批既懂科技又懂市场的新型的创新创业人才，最终推动创新。三是改革高校、科研院所的管理体制，激发大学与科研院所的创业动力和科技成果转化的效率，推进产学研密切合作的机制；特别是增强高校、科研院所与企业和市场的联系，引导它们与企业的合作交流、合作教育，增强科研立项的市场导向意识，提高成果的市场转化率。
第五，提升高新区发展水平，优化创新载体。创新需要有良好的空间载体和基地，高新技术园区是高新技术产业集群的一种典型模式，也是创新型国家的先行区和示范区。以前依靠税收、土地等优惠政策驱动的发展模式，使得我国高新技术园区自身发展存在产业集群机制和内生创新机制缺失的问题。建设创新型国家，我国高新技术开发区和经济技术开发区的发展需要以创新创业为驱动力，转变竞争方式和增长方式，提升内生发展能力和创新能力。具体而言，发挥高新区的创新载体作用，需要实现增长方式上的粗放向集约转变、单一重项目引进向重环境和服务的转变、以政策优惠为主向制度创新为主的转变、创新方式上的单一模仿创新向模仿和自主创新相结合的创新方式转变、重单一的空间规模扩张向重视人力资源的开发转变。
第六，培养创业创新精神，重塑区域经济文化。区域经济文化的核心是创业创新精神。区域经济文化能够通过创造、激励、渗透、整合、导向与规范等机制影响创新的制度安排路径。在我国创新型国家建设过程中，我们必须通过重塑区域经济文化，培育创业创新精神。区域经济文化重塑的内容具体包括：弘扬创业文化，实现从官本位思维向商本位思维转变；弘扬创新文化，实现从墨守成规、小富即安向勇于创新、大富思进转变，形成以追求卓越，鼓励冒险，宽容失败，重视创新为代表的开放价值观。弘扬合作文化，实现从利己独赢向合作共赢转变；弘扬信用文化，实现从重即期利益向重长远效应的转变，从守财向守信的转变，提高信任度，弘扬开放文化，倡导开放思维与流动意识，实现从静态封闭向动态开放转变。